แอนติเจนตับอักเสบบีอี หรือเรียกย่อว่า HBeAg เป็นโปรตีนที่ละลายได้ในอนุภาคหลักของไวรัสตับอักเสบบี โดยทั่วไป HBeAg จะถูกฝังอยู่ภายใน HBcAg เมื่อ HBcAg lyses HBeAg จะละลายลงในซีรั่มจากนิวเคลียสของตับ โดยจะปรากฏช้ากว่า HBsAg และหายไปเร็วกว่า HBsAg ดังนั้นจึงเป็นเครื่องหมายแอนติเจนทางเซรุ่มวิทยาตัวที่สองที่ปรากฏพร้อมกับ HBsAg หลังจากการติดเชื้อ HBV ในมนุษย์ HBeAg แสดงให้เห็นการเพิ่มขึ้นชั่วคราวของโรคตับอักเสบเฉียบพลัน โดยปรากฏในระยะฟักตัวก่อนการเพิ่มขึ้นของ ALT จากนั้นลดลงอย่างรวดเร็วเมื่ออาการดีขึ้นก่อนที่จะหายไปในที่สุด อัตราการตรวจพบ HBeAg เพิ่มขึ้นในระยะที่ออกฤทธิ์ของไวรัสตับอักเสบบี ซึ่งบ่งชี้ว่าเซลล์ตับได้รับบาดเจ็บสาหัส และผู้ป่วยมีการติดเชื้อสูง
